UndergroundHistoria startar med bombinga av Beograd under andre verdskrigen og går drygt femti år fram i tida, til borgarkrigen i Jugoslavia på 1990-talet. I sentrum for hendingane står trekantdramaet mellom Marko, Natalija og Petar. Petar er den mytiske nasjonalhelten som ikkje kan dø, og som dukkar fram når han trengs for å legitimera vald og krig "i nasjonens interesse". Marko er den pragmatiske helten, nærare dei vi kjenner frå røynda. Han held seg på toppen av det politiske hierarkiet, gjennom skiftande politiske vindar ved hjelp av beinhard opportunisme. Mellom dei står den vinglete Natalija som til liks med Marko har sin eigen karriere som vegvisar, men som er meir plaga av samvit og kjensler.
Den berande metaforen i filmen er kjellaren kor Marko skjuler Petar og andre motstandsmenn for tyskarane, samstundes som han sysselsett dei med våpenproduksjon. Ved hjelp av falske flyalarmar og radiosendingar får han dei til å tru at krigen ikkje er slutt. Sjølv blir han ein rik mann på våpensal og ein av Tito sine kulturbyråkratar som stendig les dikt og avdukar minnesmerke over Petar, som går for å vera ein død krigshelt.
Kjellaren er det fortidde, manipulasjoner og løgner; eit vrengebilete av Tito sitt offisielt vellukka, sameinte Jugoslavia.
Ved eit reint tilfelle forvirrar Petar seg opp av kjellaren og oppdagar han er sviken av Natalija og Marko. Når løgna blir avslørt, sprengjer Marko kjellaren og vi møter att dei ulike karakterane over jorda; no midt i borgarkrigen med Marko og Nadija som kyniske våpenhandlarar som sel til alle partar og Petar som psykotisk krigshelt.
I ein hallusonatorisk slutt møtast dei to verdene. Levande og døde forsonast i eit selskap på elvebreidda. Dei ler av seg sjølve og av kvarandre. Jordstykket dei sit på riv seg laus og flyt ut i elva til ei uviss framtid.
Kusturica hadde arbeidd lenge med ein film om Jugoslavia. Og trass i, eller kanskje på grunn av den opprivande historia, var han bestemt på at filmen ikkje skulle vera ein tragedie. Dette minner då også langt meir om ein farse. Det elleville tempoet, musikken og den beksvarte humoren er berre borte når vi kjem fram til samtida og borgarkrigen. Dette gjer denne sekvensen enno sterkare. Her står ingen att med ære, aller minst dei som reknar seg til det "internasjonale samfunnet" som stormaktene og FN. Smerten over krigen og dei lidingane og tapa den innber er total. Likevel har filmen ein open slutt der forteljinga om folket i dette landet som ein gong var held fram.
Kusturica har vidareutvikla den filmatiske stilen frå I sigøynernes tid og skapt eit slags draumespråk kor røynd og fantasi naturleg går i hop. Denne febrile filmstilen forsterkast av den sigøynerbaserte musikken til Goran Bregovic (som har laga musikken til alle Kusturica sine filmar) som skrur tempoet og temperaturen i filmen opp til bristepunktet. Den manerisk detaljrike scenografien til Miljen Kljakovic byggjer også opp under det overveldande inntrykksbombardementet filmen er.
gk